生物食品與環境學院共設置教學及科研實驗室65間，（含53號樓生物增材安徽省教育廳重點實驗室和43號樓環境研究院實驗室），現有3個省級實驗室（實訓中心）：污水凈化與生態修復材料實驗實訓中心，生物工程與技術虛擬仿真實驗教學中心，發酵工程及應用實訓（實驗）中心和2個院級重點實驗室：發酵工藝開發與應用實驗室和應用酶學與工程實驗室。34號樓一樓主要為工程類實驗室：發酵工程實驗室、固廢處理工程實驗室、水處理工程實驗室、啤酒生產實訓中心、四大名點實驗室等實驗室；四樓主要為公共平臺實驗室（如培養室、滅菌室、菌種室等）和專業實驗室（基因工程實驗室、食品生物技術實驗室、酶工程實驗室等）以及連廊上的分析測試實驗室；五樓為環境工程專業實驗室和食品類專業實驗室以及教師科研平臺和分析測試室等。總使用面積約6000m2。承擔生物食品與環境學院生物工程、環境工程、食品科學與工程、食品質量與安全本科專業的專業基礎和專業實驗課程，并為大學生創新創業、挑戰杯、第二課堂等提供支持。實驗室擁有原子分光光度計、高效液相-質譜聯用儀、氣相色譜儀、TOC測定儀、元素分析儀、紅外分光光度計、高效液相色譜儀、蛋白質純化儀等精密儀器及一般儀器5000多臺套，儀器總價值近8000萬元。實驗室擁有專職管理人員12人，其中高級實驗師4人。另有教師兼職管理人員13人。
實驗中心還承擔全院研究生實驗教學任務，300余本科碩士生畢業論文及全院教師的教科研任務。
實驗室先后承擔了國家自然科學基金項目；中國科學院海洋實驗生物開放實驗室研究項目；國家863項目子課題；國家水專項子課題；安徽省科技廳自然科學基金項目，安徽省科技廳攻關項目；安徽省教育廳自然科學項目。獲安徽省教育廳科技進步獎，安徽省自然科學獎，安徽省教育廳優秀科技成果等多項獎項。